NK Domžale được thành lập năm 1920 với tên gọi SK Disk.[1]

Thời hoàng kim của câu lạc bộ bắt đầu từ mùa hè năm 2002, khi Slaviša Stojanovič trở thành huấn luyện viên trưởng. Ông đưa Domžale trở lại 1. SNL. Mùa giải 2005–06, họ vượt qua hai vòng loại đầu tiên của Cúp UEFA trước khi bị loại ở Vòng Một trước VfB Stuttgart. Đội bóng thi đấu vòng loại 2006–07, nhưng bị loại bởi Hapoel Tel Aviv. Sau chiến thắng 4–0 trên sân khách trước Primorje ngày 13 tháng 5 năm 2007, Domžale được xác nhận lần đầu tiên vô địch giải đấu.[2] Đội bóng còn vô địch thêm một lần nữa ở mùa giải 2007–08.[3]